Bryggeriet blev grundlagt i 1883 af tre forretningsfolk, bosiddende i Skælskør: brænderiejer og skibsreder Jørgen Harboe, tømmerhandler Adolph Harboe og købmand Jørgen Lotz. Bryggeriets første navn var Harboe & Lotz.

De tre byggede bryghus og brygmesterbolig, som stadig bruges i det daglige hhv. til inddampningsanlæg for maltekstrakt og administration.

Den første brygmester på Harboes bryggeri var Gunner Harboe, der var søn af en af grundlæggerne. Gunner Harboe blev sendt til Tyskland for at lære at brygge øl. Det første øl han bryggede på det nybyggede bryggeri var hvidtøl og lagerøl. Det blev kørt ud til salg den 2. august 1883. Øllet var fyldt i trætønder og blev kørt ud med hest og vogn.

Bayersk øl fra 1884 og fra 1890 begyndte bryggeriet også at producere mineralvand.

Harboes Bryggeri indgik 1. maj 2009 en betinget aftale med de to hovedaktionærer fra GourmetBryggeriet om overdragelse af ca. 75 % af selskabets aktiekapital. Harboes Bryggeri ønsker samtidig også at erhverve de sidste 25%. Senere overtog bryggeriet de resterende aktier.